Эффективность иппотерапии обусловлена двумя основными факторами – биомеханическим и эмоциональным. Биомеханический фактор представляет собой воздействие ритмических движений и температуры тела лошади (которая на 1,5oС выше, чем у человека) на различные органы и системы  ребенка. А эмоциональный фактор – это мощное воздействие на чувственную сферу человека, позволяющее мобилизовать его волевой потенциал и с его помощью добиваться впечатляющих результатов. Эмоциональный фактор эффективности иппотерапии в основном обусловлен мощной, разнонаправленной и очень сильной мотивацией, возникающей на фоне желания почувствовать себя сильным, уверенным, бесстрашным и полноценным человеком через способность управлять лошадью. Такая мотивационная составляющая приводит к мобилизации воли. А при мощном волевом усилии человек подавляет не только страх, но и совершает движения, выговаривает слова и контролирует себя гораздо лучше, чем в обыденной ситуации. То есть желание сесть на лошадь и управлять красивым и мощным животным приводит к тому, что человек волевыми усилиями преодолевает свои страхи и дефекты. А дальнейшие занятия по специальным методикам помогают закрепить и расширить достигнутый в ходе волевого усилия результат. Положительный терапевтический эффект обусловлен тем, что между человеком и лошадью устанавливаются очень тесные взаимоотношения, похожие на дружбу, что важно для людей, испытывающих трудности в общении.